تفاوت اصلی بین سئو سایت و تبلیغات کلیکی این است که ترافیک ناشی از سئو رایگان است در حالی که ترافیک ایجاد شده از تبلیغات کلیکی رایگان نیست ( همان طور که از نامش پیداست باید برای هر کلیک هزینه بپردازید). در سئو اگر وب سایت شما برای موتور های جستجو بهینه شده باشد، می توانید جز صفحه های اول در گوگل باشید اما در PPC می توانید با پرداخت هزینه بیشتر به ازای هر کلیک آگهی خود را در صفحه اول مشاهده کنید. البته برخی از افراد از هر دوی این روش ها برای وب سایت خود استفاده می کنند اما لازم به ذکر است که سئو یک روش همه جانبه و بسیار گسترده است که می تواند از پایه و اساس، وب سایت شما را متحول سازد.